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29/10/2018

La Fundación Toulouse Cancer Santé, el Inserm y el Centro de Investigación Pierre Fabre lanzan la primera cátedra de bioinformática en oncología para la investigación en inmunooncología en el Oncopole de Toulouse

La Fundación Toulouse Cancer Santé es una fundación para la investigación médica contra el cáncer declarada de utilidad pública desde el 5 de mayo de 2006

El CRCT (Centro de Investigaciones en Cancerología de Toulouse) es una unidad mixta de investigación del Inserm y la Universidad de Toulouse III Paul Sabatier que comprende un total de 20 equipos, 4 de ellos certificados asimismo por el CNRS (Centro Nacional de Investigación Científica)

El Instituto Universitario del Cáncer de Toulouse-Oncopole (IUCT-Oncopole) es un hospital de más de 300 camas dedicado exclusivamente a pacientes de oncología, nacido de la asociación del Centro Hospitalario Universitario (CHU) de Toulouse y el Instituto Claudius Regaud (Centro de Lucha contra el Cáncer)

Los Laboratorios Pierre Fabre, socios históricos del Oncopole de Toulousehan hecho de la oncología su primer eje de investigación y desarrollo en medicamentos

 

Toulouse y Castres (Francia), 2 de octubre de 2018 – La Fundación Toulouse Cancer Santé, el Inserm y el Centro de Investigación Pierre Fabre, los principales agentes del campus del Oncopole de Toulouse, han creado la primera cátedra de bioinformática en oncología centrada en la investigación en inmunooncología. Para dirigirla han designado a Vera Pancaldi, física experta en biología de sistemas, que ha asumido su puesto en el Inserm el 3 de septiembre de 2018, en el seno del CRCT. Su puesta en marcha se inscribe en la estrategia global del Inserm en el CRCT, el Instituto Universitario del Cáncer de Toulouse-Oncopole (IUCT-Oncopole) y Pierre Fabre orientada a reforzar las alianzas públicas y privadas en oncología.

Coconstrucción académica e industrial

La institución de la cátedra de bioinformática en oncología prevé la asociación durante un periodo de cinco años de la Fundación Toulouse Cancer Santé, el Inserm y el Centro de Investigación Pierre Fabre (IRPF) en una iniciativa de coconstrucción académica e industrial basada en la investigación en inmunooncología y la medicina traslacional del Oncopole de Toulouse.

Según el protocolo de acuerdo y el convenio de la cátedra, el Centro de Investigación Pierre Fabre y la Fundación Toulouse Cancer Santé invertirán un millón de euros a lo largo de cinco años (200.000 € anuales) cada uno. La dirección se integrará en los equipos del CRCT dentro del edificio del Inserm en el Oncopole, que suministrará las plataformas técnicas además de contribuir al proyecto con 335.000 €.

La gerencia de la cátedra será asumida por un comité científico tripartito que se reunirá todos los meses. Este estará compuesto por dos miembros del IRPF, dos miembros en representación del Inserm y dos miembros designados por la Fundación Toulouse Cancer Santé.

La experiencia en bioinformática, el pilar de la colaboración

 La dirección recaerá en Vera Pancaldi, una investigadora de envergadura internacional dotada de un perfil innovador en bioinformática y biología de sistemas. Sus trabajos actuales versan sobre la heterogeneidad celular y la arquitectura 3D del genoma, dentro del departamento de Ciencias de la Vida del Grupo de Biología Computacional del Barcelona Supercomputing Center (BSC).

Su elección asegura la presencia de una interlocutora líder en bioinformática para el CRCT, que ansía convertirse en un centro especializado en la gestión de datos en oncología. Por consiguiente, Vera Pancaldi tendrá como primera misión montar un equipo de cinco especialistas en bioinformática (de nivel Máster y PhD) para constituir un vivero de talentos en torno a esta disciplina en plena expansión.

Además, uno de sus cometidos primordiales será erigirse en un referente de la dinámica colaborativa, gracias a la interacción de los intercambios entre el CRCT, el IUCT-Oncopole y el IRPF. De este modo, Vera Pancaldi tendrá acceso a la plataforma tecnológica del CRCT, en concreto a las plataformas bioinformáticas necesarias para sus investigaciones, así como a los datos de los pacientes recopilados por los médicos del centro hospitalario. También trabajará directamente con los especialistas bioinformáticos de Pierre Fabre.

Bajo una tutela de índole tan específica, se pretende acelerar el ritmo de desarrollo de nuevos medicamentos en la línea de la medicina personalizada. Con esta medida, el CRCT y el IUCT-Oncopole dan prioridad a un doble eje de colaboración: por una parte, la recopilación y el análisis de datos para facilitar la elección terapéutica y constituir cadenas de datos destinadas a los proyectos internos; y, por otra, la identificación de nuevos genes como futuros biomarcadores u objetivos terapéuticos.

Un factor de atracción de la dinámica colaborativa

Además, la dirección intervendrá activamente en la vida científica, las publicaciones y la actividad de promoción del CRCT, y contribuirá a elevar el campus de Toulouse a un nivel de excelencia internacional que le permita atraer talentos del mundo entero.

Desde su puesto de titular de la cátedra, Vera Pancaldi podrá realizar una doble aportación a estos efectos.

En primer lugar, continuará su colaboración con el departamento de Ciencias de la Vida del Barcelona Supercomputing Center (BSC), construido en torno a "Mare Nostrum", una de las supercomputadoras más potentes de Europa. Las habilidades en materia de Big Data son un punto fuerte de su experiencia en el BSC. El reto de futuro consistirá en sacar el máximo rendimiento a los nuevos conceptos de Deep Learning e Inteligencia Artificial (IA) con los informáticos y matemáticos de las instalaciones de Toulouse.

Además, dará un nuevo impulso a la dinámica de trabajo en red del emplazamiento tolosano. Porque Toulouse es desde donde a partir de ahora Vera Pancaldi gestionará la dinámica de innovación de Cambridge Network Networks, una "red de redes" cofundada por ella misma en septiembre de 2011 y que hoy reúne a una comunidad de 400 personas interesadas en el estudio de las redes.

Su bagaje contribuirá a construir todo un ecosistema y un vivero de talentos alrededor de la cátedra, en el campus del Oncopole de Toulouse. En este sentido, la llegada de Vera Pancaldi no marca sino un primer hito en la colaboración de Pierre Fabre con las estructuras académicas y privadas del Oncopole, con el objetivo ulterior de acelerar las colaboraciones industriales en un espíritu de innovación abierta.

"Interrogar las oportunidades del Big Data en una colaboración público-privada"

Alexandre Passioukov, director de medicina traslacional en I+D de Pierre Fabre

"Hoy en día, la exploración de las oportunidades del Big Data es una fuente de innovación biomédica imprescindible. Este es un punto en común del mundo académico y el farmacéutico. El ambicioso proyecto propuesto por Vera Pancaldi, experta en el ámbito de la bioinformática, presenta sinergias evidentes con nuestras actividades de investigación y desarrollo en oncología. Tanto la identificación de marcadores de respuesta como el descubrimiento de nuevos objetivos terapéuticos pasan invariablemente por el análisis de los datos masivos 'ómicos' sobre las resistencias a las terapias actuales. En consecuencia, el lanzamiento de este proyecto de cinco años de duración con el CRCT y la Fundación Toulouse Cancer Santé supone un gran motivo de satisfacción, al que seguirán otras iniciativas colaborativas en el marco de una alianza estratégica de Pierre Fabre en el seno del Oncopole de Toulouse". 

"Aportar la experiencia técnica para el análisis de los datos masivos"

Gilles Favre, director científico y director del Laboratorio de Biología Médica Oncológica del Instituto Universitario del Cáncer de Toulouse-Oncopole (IUCT-Oncopole), director del Cancéropôle del suroeste de Francia y director del CRCT (UMR del Inserm/Universidad de Toulouse III Paul Sabatier y ERL CNRS)

"Con la explosión del Big Data genómico en oncología, Vera Pancaldi aporta una nueva experiencia técnica al CRCT en cuanto al análisis de los datos masivos. Tenemos 22.000 genes y somos capaces de secuenciarlos en su totalidad. También podemos conocer la expresión de estos genes. Esto representa varias decenas de miles de mensajeros generados por nuestras plataformas, lo que se traduce en una ingente cantidad de datos. En sus investigaciones, Vera Pancaldi podrá beneficiarse de los análisis del CRCT sobre el genoma de célula única y el transcriptoma de célula única. Ponemos a su disposición nuestro laboratorio real (Wet-Lab) para la recopilación y el análisis de células y la biología molecular, y nuestro laboratorio virtual (Dry-Lab) para el almacenamiento y la gestión de datos a partir de ordenadores. Sus trabajos la conducirán a colaborar con los informáticos y matemáticos de las instalaciones de Toulouse para seguir avanzando en la construcción de algoritmos de aprendizaje (Deep Learning e IA)".

"Reforzar la visibilidad y la apertura al mundo económico"

François Amalric, director general de la Fundación Toulouse Cancer Santé

"Para la Fundación Toulouse Cancer Santé, la creación de la cátedra es ya un éxito con la incorporación de una especialista en datos de envergadura internacional que hará del emplazamiento un centro de excelencia. El reto es aumentar las competencias en bioinformática con vistas a desarrollar nuevas alianzas en el ámbito industrial. La cátedra permitirá dar visibilidad a nuestros proyectos de investigación y potenciar nuestra apertura al mundo económico".

"Concentraré mis estudios en la heterogeneidad tumoral"

Vera Pancaldi, titular de la cátedra de bioinformática en oncología

Junto a sus competencias notables en bioinformática, lo que ha atraído de Vera Pancaldi es su marcado perfil internacional y su adaptabilidad a los actuales retos de la investigación en inmunooncología. Como física titular de un doctorado en física aplicada a los sistemas complejos, empezó a trabajar la genómica funcional de la levadura en el laboratorio del Profesor Bähler, en el Wellcome Trust Sanger Institute y, posteriormente, en el University College London, en Inglaterra. "Pensaba que no había sistemas más complejos que los organismos vivos", explica. Continuó como investigadora posdoctoral en epigenética de las plantas, dentro del equipo del Profesor Baulcombe, en la Universidad de Cambridge. Hace seis años, decidió embarcarse en una nueva aventura en torno a la investigación sobre el cáncer para abordar el reto de la medicina personalizada. Obtuvo una beca FEBS para incorporarse al Grupo de Biología Estructural y Biocomputación del Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO) en Madrid (España). "He efectuado investigaciones sobre la modelización matemática del crecimiento tumoral a partir de datos moleculares", precisa. "Asimismo, he comenzado a participar en BLUEPRINT, el proyecto de investigación europeo sobre el epigenoma que impulsa la caracterización del epigenoma de diferentes células sanguíneas entre los sujetos sanos". Esta experiencia la llevó el año pasado a ocupar su actual puesto como investigadora en el Grupo de Biología Computacional del departamento de Ciencias de la Vida del Barcelona Supercomputing Center (BSC), donde lleva a cabo investigaciones sobre la heterogeneidad celular y la arquitectura del genoma en 3D. En esta nueva etapa, seguirá vinculada al BSC y participará en el programa Bioinfo4Women. Sus trabajos previos acerca de los sistemas complejos y la epigenética le han valido abundantes reconocimientos y la consideración de sus colegas.

El 3 de septiembre de 2018, Vera Pancaldi ha asumido la responsabilidad de la prestigiosa cátedra de bioinformática en oncología creada por la Fundación Toulouse Cancer Santé, el Inserm y el IRPF. "Me concentraré en el estudio de la heterogeneidad del tumor mediante los trabajos de simulación de la evolución del tumor en su microentorno", afirma. "El reto consiste además en entender cómo interactúa el sistema inmunitario con el tumor". En esta línea, Vera Pancaldi colaborará con Pierre Cordelier, director de investigación del Inserm y jefe de equipo del CRCT, que ya participa en una serie de investigaciones pioneras encaminadas a caracterizar los tumores del páncreas a escala de las células individuales, y especialmente la movilización de una respuesta inmunitaria frente a estos tumores que siguen suponiendo un auténtico problema de salud pública por su gran resistencia a los tratamientos presentes. "Las tecnologías avanzadas del CRCT permiten analizar los distintos fenómenos a través del estudio del tumor a nivel de las células individuales", continúa.

"Este nuevo puesto me permitirá asimismo establecer otros vínculos tanto con los miembros del CRCT como con el exterior para desplegar la red de colaboraciones públicas y privadas del centro en el ámbito de las terapias selectivas", concluye.